Los gobiernos de Canadá y Japón lanzaron conversaciones para el desarrollo de un Marco Económico el 19 de enero de 2005. El 19 de noviembre de 2005, se firmó el Acuerdo Marco Económico Canadá - Japón. En noviembre de 2010, en las reuniones bilaterales de mandatarios y ministros de la cumbre del Foro de Cooperación Económica Asia-Pacífico (APEC), Canadá y Japón acordaron considerar profundizar sus lazos comerciales. El 14 de marzo de 2011, ambos países realizaron el primer estudio conjunto para un acuerdo de asociación económica. En la reunión, se discutió sobre la relación de comercio e inversiones entre ambos países. El segundo estudio conjunto fue realizado entre el 14 y 15 de abril de 2011.
El 25 de marzo de 2012, Canadá y Japón anunciaron el lanzamiento de negociaciones para un acuerdo de libre comercio. Ambos países se reunieron del 26 al 30 de noviembre para celebrar la primera ronda de negociaciones para el Acuerdo de Asociación Económica (AAE). La segunda ronda de negociaciones se realizó entre el 22 y 26 de abril de 2013, en Ottawa, Canadá. La tercera se celebró en Tokio del 8 al 12 de julio. La más reciente ronda de negociaciones tuvo lugar en Ottawa, del 12 al 14 de noviembre 2013. La quinta ronda de negociaciones del AAE Canadá-Japón tuvo lugar en Tokio, Japón, del 24 al 28 de marzo de 2014. La sexta ronda de negociaciones para el AAE Canadá-Japón se realizó en Ottawa, Canadá del 28 al 31 de julio de 2014. La séptima ronda de negociaciones para el AAE Canadá-Japón se celebró en Tokio del 17 al 21 de noviembre de 2014.
